Anfangs wurden zwei Exemplare gebaut, ‚Merlin‘ und ‚Atalante‘. ‚Merlin‘ war unter Hans Wiesenhöfer im 1.Zielflug rund um Süddeutschland und auf Alpenflügen erfolgreich. ‚Atalante‘, die Kurt Schmidt überwiegend selbst gebaut hatte, wurde zu einem der berühmtesten und erfolgreichsten Segelflugzeuge der 30er Jahre. Obgleich er sie erst kurz vor der ’17. Rhön‘ einfliegen konnte, wurde Schmidt überlegener Sieger. So gelang ihm ein Zielflug von der Wasserkuppe nach Trier (252km); es war der längste Streckenflug des gesamten Wettbewerbs. Seine Erfolge machten die angesichts der eleganteren Konkurrenz vorher kaum beachtete Mü13 weithin bekannt. Als 13 D ging sie beim ‘Schwarzwald-Flugzeugbau Wilhelm Jehle’ in Donaueschingen mit geringfügigen Änderungen in Serie und war von nun an auf allen Wettbewerben vertreten. Mit diesem Flugzeug gelang der Durchbruch der von Egon Scheibe geprägten ‘Münchner Schule’, die sich durch einen freitragenden Trapeztragflügel aus Holz und durch den stoffbespannten Stahlrohrrumpf auszeichnet. Als Mü13 E wurde auch eine doppelsitzige Version gebaut, aus der Egon Scheibe später die ‘Bergfalken’-Serie entwickelte. 1937 erhielt der „Merlin“ einen Köcher-Kröber M4-Motor mit 18PS und wurde als Mü13 M „Motormerlin“ bezeichnet.